На берегах Нямунаса и Нярис обнаружено свыше десяти стоянок каменного века. К более поздним эпохам относятся обнаруженные здесь городища, селища и грунтовые могильники.
Одно из городищ находится в Аукштейи-Шанчяй, на мысу, на правом берегу Нямунаса. Его площадка осела к долине реки. Сохранился лишь вал высотой 5 м, отделенный от соседней высоты рвом длиной 25 м.
На мысе левого берега Нярис высится городище Эйгуляй. С трех сторон его окружают овраги, а с востока — глубокий ров длиной 50 м. Его площадка почти четырехугольной
формы в направлении с востока на запад протянулась на 70 м, в ширину — на 60 м. На восточной окраине сохранился вал высотой 5—6 м. В четко прослеживающемся культурном слое площадки и вала обнаружены черепки гончарных сосудов, украшенных орнаментом из горизонтальных параллельных и волнистых линий, наконечник стрелы арбалета и другие предметы. Предполагается, что здесь стоял замок Эйгуляй (Эголлен — лат.), упоминаемый в письменных источниках в 1379 г. и 30 июня 1382 г., когда он был сожжен крестоносцами.
На мысе левобережья Нямунаса и Марвяле находится городище Марвяле. С трех сторон его окружают речные долины, а с юга подступает соседняя возвышенность. Склоны городища в сторону долины крутые, высотой 20 м. Почти круглая его площадка в диаметре около 12 м. На южном краю площадки — вал высотой 2 м, за которым ров шириной 8 м и глубиной 1,5 м и еще один вал (высотой лишь 0,5 м). У подножия городища, в долине Нямунаса сохранились следы древнего селища, обнаружена лепная керамика со штриховой, а также гладкой и шероховатой поверхностью, железный шлак и др. В 1954 — 1955 гг. и позднее на территории Каунасского замка производились археологические раскопки (руководитель — археолог Специальной научно-производственной реставрационной мастерской К. Мякас).
Обнаружен культурный слой местами толщиной до 4—10 м. В его нижней части найдены лепная гладкостенная и шероховатая керамика, а также черепки гончарной керамики и куски обожженной глины. Эти находки позволили заключить, что замок сооружался на месте поселения, существовавшего в I тысячелетии н. э. и укрепленного в начале II тысячелетия. Грунтовой могильник Эйгуляй находится на левом берегу Нярис. В 1935, 1937 и 1938 гг. Каунасский музей культуры исследовал здесь четыре погребения по обряду трупосожжения и 47 — по обряду трупоположения с погребальным инвентарем, датированным IV—VII вв. н. э. В могильнике Саргенай на правом берегу Нярис Каунасский исторический музей в 1938—1941 гг. исследовал 378 погребений, 14 очагов и три кострища. Собрано около 800 изделий II—III и IX—XIII вв. На правом берегу Нямунаса к юго-востоку от городища — могильник Вяршвай. В 1938—1941 гг. Каунасский музей культуры частично исследовал их, обнаружив более 450 погребений с трупосожжениями и трупоположениями, а также около 300 захоронений несожженных лошадей. В 1954 г. археологическая экспедиция Института истории АН Литовской ССР (руководитель — канд. ист. наук О. Кунцене) исследовала еще 12 погребений с трупосожжениями, датированных II—VI и VI—XIII вв. Захоронения лошадей относят к X— XIV вв.