На берегах Тракайских озер обнаружено несколько поселений каменного и бронзового веков. Наиболее выдающиеся памятники старины — остатки замков на острове и полуострове, в ходе консервации и реставрации которых в послевоенные годы были проведены в широком масштабе и археологические раскопки. В 1960—1961 гг. археологическая экспедиция Института истории АН Литовской ССР (руководитель — канд. ист. наук А. Таутавичюс) исследовала площадь около 3500 кв. м: площадку горы Аука на территории замка на полуострове (площадь 582 кв. м), подножие этой горы, места перед башнями, сделала разрез рва, опоясывающего замок. Во время исследования были обнаружены фундаменты неизвестных до тех пор трех башен и двух каменных зданий, остатки стен, укреплявших края рва, а на горе Аука — каменного здания, сооруженного в начале XV в. В 1964— 1968 гг. раскопки на территории этого замка вела археологическая экспедиция Специальной научно-производственной реставрационной мастерской (руководители — археологи И. Ючене и К. Мякас). Были обнаружены ранее неизвестные ворота в юго-восточной стене и на берегу Бернардинского озера, у юго-восточного края горы фундамент башни и следы моста через ров. Во время раскопок собрано немало гончарной керамики XIV—XVIII вв. и других предметов. В более широком объеме археологические раскопки в Тракайском замке на острове производил Институт истории АН Литовской ССР и в 1961— 1962 гг. (руководитель — канд. ист. наук О. Кунцене), а в 1967 г.— Специальная научно-производственная реставрационная мастерская (руководитель — археолог К. Мякас). В ходе раскопок собрано много археологических материалов XIV— XVIII вв.: гончарной керамики, изразцов, кирпичей, металлических изделий.
Тракайский замок на полуострове. Автор реконструкции С. Микулёнис
Недалеко от Тракай, в Старом Тракай также расположено городище. Это невысокий холм, на вершине которого почти квадратная площадка размером 130x150 м. С юга, запада и севера его опоясывает глубокий ров длиной 35—40 м и шириной до 6 м; восточный склон спускается в небольшое озеро. На площадке находятся хозяйственные постройки, в северо-западном ее углу стоит каменный костел.
Высится городище и в 6 км к северу от Тракай, на левом берегу речки Бражуоле. Со всех сторон его окружают долины речки и овраги. Склоны холма крутые, высотой 15—25 м. Площадка городища в форме неправильного четырехугольника с юга на север тянется на 210 м, шириной 110 м в южном и 95 м в северном концах. На южном и юго-восточном краях сохранились следы вала длиной до 130 м.
В 1972 г. археологическая экспедиция Научно-методического совета по охране памятников культуры Министерства культуры Литовской ССР (руководитель — археолог В. Даугудис) в юго-западном углу площадки городища исследовала площадь около 100 кв. м; были обнаружены остатки лепной со штрихованной и шероховатой поверхностью и гончарной керамики, следы укреплений I—начала II тысячелетия н. э., другие находки.
Письменные источники указывают, что в местечке Бражуоле 6 июля 1382 г. король польский и великий князь литовский Йогайла заключил мирный договор с Тевтонским орденом, который рвался к Тракай и Вильнюсу. К юго-западу от городища, на соседнем поле сохранились два разрушенных кургана.
На восточном берегу озера Гальве находится небольшое городище Варникай. Следов укрепления здесь не обнаружено. Его овальная площадка — длиной 20 м в направлении с юга-востока на северо-запад и шириной 15 м (в средней части). У северо-западного подножия городища обнаружены следы древнего селища: лепная штрихованная керамика.