И еще одной монументальной работой был занят Верроккьо с конца 1460-х годов — группой «Христос и апостол Фома» для церкви Ор-Сан-Микеле. Эта церковь, одна из старейших во Флоренции, была украшена в конце XIV — начале XV века статуями святых — покровителей различных цехов ремесленников.
Над фигурами святых патронов итальянских мастеров — ткачей, ювелиров, столяров работали в свое время крупнейшие скульпторы Лоренцо Гиберти, Нанни ди Банко, Донателло. Последний выполнил для ниши гвельфов — партии торгово-ремесленных кругов — статую святого Людовика Тулузского. Однако гвельфская партия, оказавшая в XIII—XIV веках большое влияние на судьбу Флоренции, в середине XV утратила какое-либо значение, и ее нишу передали в распоряжение Судейской торговой коллегии (Мерканция), а статую Людовика работы Донателло убрали. Вероятно, желая подчеркнуть свою особую роль в жизни города, Мерканция решила установить в нише, предназначенной для одной фигуры, целых две — Христа и апостола Фомы. Этот ответственейший и труднейший заказ был доверен Верроккьо, и он работал над ним много лет. Лишь 21 июня 1483 года бронзовые статуи, созданные Верроккьо, заняли свое место в нише Ор-Сан-Микеле.
Решение, предложенное Верроккьо для группы Ор-Сан-Микеле, было простым и вместе с тем неожиданным. Только одну фигуру — Христа он поместил в нише, слегка сместив к правому ее краю. Христос левой рукой раздвигает свои одежды, чтобы приоткрыть рану в правом боку, и поднимает правую руку, как бы обращаясь к зрителю. Слева, перед нишей, на цоколе, вполоборота к нему стоит Фома. Движение и жестикуляция персонажей предельно выразительны.
Жест правой руки Христа — это призыв к Фоме приблизиться. Но одновременно он настолько свободен, широк, что кажется обращенным и ко всем зрителям. Фома не дотрагивается до раны, а только протягивает к ней руку, как бы колеблясь, не решаясь прикоснуться. Чрезвычайно выразительны и лица обоих персонажей. Лицо Христа, обрамленное вьющимися волосами, полно благородной красоты. Эта созданная Верроккьо голова Христа стала моделью, образцом для многих скульптурных бюстов богочеловека, создававшихся в мастерских Флоренции. Лицо Фомы отдаленно напоминает образы юношей Верроккьо и в первую очередь — Давида.
Работа над монументальной группой, предназначенной для Ор-Сан-Микеле, была, по-видимому, исключительным явлением в деятельности Верроккьо в течение почти всех 1470-х годов. Он выполнил в это время ряд рельефов, изображающих Мадонну с младенцем, несколько скульптурных портретов, занимался живописью.