На берегах рек Нярис, Вильни и близлежащих озер обнаружено несколько стоянок каменного и бронзового веков. В 1957 г. в районе Антакальниса на улице Смелё на глубине 3,5 м найдены кости мамонта. Археологи Института истории АН Литовской ССР (руководитель — канд. ист. наук П. Куликаускас) датировали эту находку IX — VIII тысячелетиями до н. э. В 1961 г. кости мамонта были обнаружены в карьере, расположенном в восточной части Вильнюса.
На левом берегу Нярис, в устье Вильни, высится городище, называемое горой Гедиминаса (Гедимина). Этот холм с довольно крутыми склонами имеет форму усеченного конуса, в древности опоясанного с востока и севера, а до XVIII в. — также с юга и запада реками и топями. Высота городища достигает 40 м. Его площадка протянулась с северо-востока на юго-запад примерно на 120 м, а в ширину составляет 45 м. Когда-то она была обнесена валом, но в XIV — XV вв. его сровняли и возвели каменные оборонительные стены, башни и на восточной стороне — репрезентационное строение в плане 17x36 м.
В 1938 г. в восточной части площадки городища производили раскопки археологи Варшавского университета. В 1940 г. Вильнюсский городской музей в северной ее части исследовал территорию 95 кв. м, в 1955 — 1960 гг. при укреплении развалин дворца на краях площадки выкопано более 20 шурфов (на площади около 200 кв. м), в 1982 г. Институт консервации памятников вскрыл около 80 кв. м. Археологи обнаружили интенсивный культурный слой толщиной до 4,5 м. В нижнем горизонте найдены черепки лепной керамики со штрихованной поверхностью, каменные топоры, разные костяные предметы. Это свидетельствует о том, что гора Гедиминаса была обжита еще в I тысячелетии до н. э. В более поздних слоях сохранились характерные для I тысячелетия н. э. лепная керамика с гладкой и шероховатой поверхностью, черепки гончарных сосудов начала II тысячелетия, остатки сгоревших деревянных построек XI — XIII вв. и другие предметы той эпохи. В слоях XIV и более поздних веков обнаружены развалины каменных сооружений, керамика XV — XVIII вв.
В 1955 — 1961 и 1964 гг. археологи Института истории АН Литовской ССР (руководитель — канд. ист. наук А. Таутавичюс) исследовали у западного, северного и южного подножий городища территорию около 2000 кв. м, а в 1978 и 1982 гг. Институт консервации памятников у северного подножия — около 460 кв. м. Обнаружен культурный слой толщиной до 5 — 7 м. У западного подножия городища в древнейшем слое найдена характерная для I тысячелетия н. э. лепная керамика с гладкой и шероховатой поверхностью, а в более поздних — в основном начала II тысячелетия — гончарная керамика, остатки деревянных сооружений, каменных построек XIV — XVIII вв., различные предметы того времени. К северо-востоку от замка Гедиминаса на левом берегу Нярис и на правом Вильни высится Кривая, или Лысая гора (Крейвасис, Пликасис калнас). Юго-западный, постепенно разрушающийся со стороны Вильни очень крутой склон достигает высоты до 30 м, а северо-западный и северный склоны, спускающиеся в долину реки Нярис, — более пологие и низкие. С востока и юга от соседних гор Столовой (Стало) и Бекеши ее отделяет ров глубиной 10 м. На вершине горы расположена площадка длиной с севера на юг 200 м, южная ее часть шириной 35 м выше и ровнее. Остальная часть площадки шириной до 100 м отлого спускается к реке Нярис. На южном и восточном краях площадки видны остатки вала. У юго-восточного подножия Кривой горы, а также на соседних горах Столовой и Бекеше обнаружены следы древних поселений. В 1956 г. археологическая экспедиция Института истории АН Литовской ССР (руководитель — А. Таутавичюс) исследовала территорию 250 кв. м у юго-восточного подножия Кривой горы: было найдено немало гончарной керамики, обожженных зерен, остатки деревянных построек и другие предметы, в основном XIII — XIV вв.
Городище, называемое могилой Гедиминаса, расположено к юго-востоку от Кривой горы, за глубокой долиной, также на правом берегу Вильни. Это городище с отвесными склонами, имеющее форму усеченного конуса, на вершине его разрушенная площадка размером 20x25 м.
На юго-западной окраине района Науёйи-Вильня, на левом берегу реки Вильня возвышается городище Рокантишкес с развалинами каменного замка. С трех сторон его склоны спускаются в долину Вильни и только с юга примыкают соседние высоты. Площадка в форме неправильного четырехугольника с севера на юг протянулась на 60 м, с запада на восток — на 45 м. В ее южной части располагалось каменное строение размером 45x20 м, к югу от нее — двор (25x35 м), окруженный каменной стеной. Как повествует легенда, занесенная в литовскую летопись XVI в., здесь стоял первый замок князей Альшенасов (Гольша неких), перестроенный в XVI в. и сожженный в 1655 г. В 1940 г. Вильнюсский городской музей исследовал верхние слои городища: были обнаружены изразцы XVI в. и другие предметы того и более поздних времен.