ул. Б. Сруоги, М. Горького, №21
В комплекс зданий университета входит костел св. Иоанна — один из наиболее древних и величественных в Вильнюсе. Здание трехнефное, зального типа, в нем сочетаются структурные элементы готики с формами позднего барокко и классицизма. Строительство было начато по инициативе Йогайлы в 1387 г. и закончено в 1426 г. Первоначально был сооружен готический костел, но он многократно повреждался пожарами (XV, XVI, XVIII вв.), реконструировался, к нему пристраивались капеллы, изменялись фасады. В 1571 г. костел был передан коллегии иезуитов (университету) и в последний раз реконструирован в стиле готики: здание удлинено, сооружен большой пресбитерий, внутреннее пространство перекрыто звездчатыми сводами, пристроены две капеллы. После пожаров 1738—1749 гг. проведены восстановительные работы под руководством архитектора И. К. Глаубица, интерьер и фасады приобрели черты позднего барокко, сооружен ансамбль из 23 алтарей. Оставшаяся композиция из 10 алтарей создавала выразительные визуальные перспективы. Это уникальный памятник подобного типа не только в Литве, но и в Прибалтике. В 1743—1754 гг. костел расписан фресками, предполагается, что их автор — Салмон. В 1827—1828 гг. К. Подчашинскис объединил фасады южных капелл костела центральным портиком с четырьмя колоннами, таким образом, придав им черты классицизма. Под его руководством реконструирован интерьер, убрано 13 алтарей, закрашена стенная роспись. В костеле находится шесть капелл, которые в XVI—XVIII вв. принадлежали различным вильнюсским братствам, студенческим конгрегациям, ремесленным цехам портных, музыкантов, ювелиров, цирюльников. Под костелом — подвалы XVI—XVIII вв. с цилиндрическими сводами.
Бывший костел св. Иоанна — ныне Музей науки
В костеле происходили торжественные собрания, диспуты, разыгрывались представления.
Польский композитор С. Монюшко, когда жил в Вильнюсе (1840—1858), был органистом костела св. Иоанна. В память об этом на хорах костела установлен его бюст. В костеле много произведений искусства XVI—XVIII вв.— среди них картины, скульптуры; мемориальные памятники А. Мицкевичу (ск. М. Гуйский, арх. Т. Стрыянский, 1899); Л. Кондратовичу-Сырокомле (ск. П. Велюонишкис, 1908); мемориальная доска Т. Костюшке (ск. А. Вивульский, 1917) и др.
В 1964 — 1978 гг. костел реставрирован по проекту архитектора Р. Яловецкаса (историк Т. Дамбраускайте). В нем оборудован Музей науки. Реставрированы многие произведения прикладного искусства, витражи, скульптура, лепнины, решетки, мемориальные доски, открыты фрагменты стенной росписи.